Nekoliko sati pre izdahnuća, skroz iznemogao, pozvao je sve kolege lekare u bolnici da dođu kod njega u sobu u poslednju vizitu. Bio je to večni rastanak sa svojim đacima i njegovo poslednje predavanje, februara 1888.
Srce mu je već tiho, skoro nečujno i nepravilno kucalo. Ruke su mu bile hladne, a usne blede i jedva se micale. Jedino mu je još duh bio vedar i čio, kao u vreme njegove pune snage i mladosti. Soba je bila puna lekara, profesora, naučnika… Mnogi od njih su klečali oko bolesničkog kreveta.
Dr Vladan Đorđević nagnut nad njim, osluškuje šapate i pokušava svaku reč da prenese ostalim članovima najtužnijeg konzilijuma. Bolesnik je citirao Hufenlanda i Šenlajna, svoje učitelje, šaputao je, ali kao da je govorio sa katedre. Tražio je da kolege uzmu „Status praesens” – poslednju anamnezu. Na ovom, nesvakidašnjem, predavanju, pričao je o tome kako je umro Balzak, te je, skoro nečujno, upitao prisutne: „Da li mi možete garantovati još tri dana života?” Blagi žagor u sobi prekinut je njegovim rečima: „Telo je već mrtvo.”
Njegov dalji govor bio je okićen latinskim citatima, te je podsetio prisutne na klasičnu dijagnozu „Febris nervosa versatilis” koju je izneo njegov prijatelj, čuveni, dr Majnert. Zatim je lagano pomerio glavu na stranu, a pogled zadržao na njegov započeti rukopis na latinskom jeziku koji se nalazio na stočiću pored kreveta i tada je izgovorio svoje poslednje reči:„Regius hortus botanicus Belgradensis.” Nekoliko trenutaka zatim je izdahnuo.
Poslednju želju su mu ispunili planinari Srbije i članovi SANU, 7. jula 1951, kada su njegove zemne ostatke sahranili u kovčegu od Pančićeve omorike u mauzoleju na vrhu Kopaonika. Bio je to veliki slet planinara sa 2.000 učesnika, koji je započeo na Studentskom trgu u Beogradu, a okončao na Pančićevom vrhu.
„Ostvarujući zavet Pančićev, prenosimo ga da ovde večno počiva. Objavljujemo i njegovu poruku upućenu srpskoj omladini – Da će tek dubokim poznavanjem i proučavanjem prirode naše zemlje pokazati koliko voli i poštuje svoju otadžbinu.“
U čast botaničara svetskog glasa, genijalnog zoologa, geologa, mineraloga, agronoma i lekara, od toga dana, najviša tačka Kopaonika dobila je novi naziv – Pančićev vrh.